تم تصميم أنظمة التعقيم في المكان (SIP) للتأكد من أن معدات التصنيع خالية من الكائنات الحية الدقيقة التي يمكن أن تلوث المنتجات. تستخدم أنظمة SIP إما الماء الساخن أو المواد الكيميائية أو مزيج من الاثنين معًا لتعقيم المعدات. يعمل نظام SIP بشكل مشابه لنظام CIP، ولكنه يستخدم عوامل تعقيم مثل بيروكسيد الهيدروجين المتبخر أو الأوزون أو بخار الماء شديد السخونة لقتل الكائنات الحية الدقيقة مثل البكتيريا والفيروسات والجراثيم والفطريات من أسطح المعدات.